根據2015版《中國藥典》9204微生物鑒定指導原則，大多數非無(wú)菌藥品生產(chǎn)過(guò)程和部分無(wú)菌生產(chǎn)環(huán)境的風(fēng)險評估中，對所檢出微生物需要進(jìn)行常規特征分析，即可滿(mǎn)足要求。對于非無(wú)菌產(chǎn)品的控制菌檢查一般應達到種屬水平。無(wú)菌試驗結果陽(yáng)性和無(wú)菌生產(chǎn)模擬工藝失敗時(shí)，對檢出微生物鑒定至少進(jìn)行達到種屬水平，必要時(shí)達到菌株水平。以下簡(jiǎn)單介紹一下微生物鑒定方法。
      首先通過(guò)初篩試驗，確定純化后的待檢菌株的基本微生物特征，進(jìn)行初步分類(lèi)。常見(jiàn)的初篩試驗包括革蘭染色、芽孢染色、鏡檢觀(guān)察染色結果和細胞形態(tài)、重要的生化反應。其中生化篩選試驗包括氧化酶試驗、過(guò)氧化氫酶試驗和凝固酶試驗。初篩實(shí)驗結果將為后續鑒定試驗提供依據。
      通過(guò)比較微生物的菌落形態(tài)、理化特征和特征化學(xué)成分與典型微生物的差異進(jìn)行的微生物鑒別，屬于微生物表型鑒定，是經(jīng)典的微生物分類(lèi)鑒定法。目前已有多種商業(yè)化的生化鑒定系統，為實(shí)驗人員省去了繁瑣的實(shí)驗量，如API試劑條鑒定系統、VITEK 全自動(dòng)鑒定系統、Biolog自動(dòng)微生物鑒定系統。近年來(lái)一種新型的表型方法，介于表型和基因型之間的MALDI-TOF質(zhì)譜法在微生物檢定領(lǐng)域也取得了較快的發(fā)展。在表型鑒定時(shí)，應注意采用適宜的培養基、培養時(shí)間和傳代次數對鑒定結果的影響。通常進(jìn)行生化鑒定需要待檢菌為新鮮培養物。
      微生物基因型通常不受生長(cháng)培養基或分離活性的影響，只需分離得到純菌落便可用于分析。但是技術(shù)水平需要保證，還需要昂貴的分析設備和實(shí)驗材料?；蛐丸b定包括16S rDNA、18S rRNA和ITS區測序鑒定、限制性?xún)惹忻钙伍L(cháng)度多態(tài)性(RFLP)、MLST、全基因組測序等。RiboPrinter 微生物鑒定系統是基于RFLP技術(shù)來(lái)區分菌株，有助于溯源分析進(jìn)行風(fēng)險評估。當然，鑒定的終極手段是包含微生物所有遺傳信息的全基因組測序。